本发明公开了一种锅炉或窑炉超低排放与高效节能耦合运行的方法及系统，方法包括以下步骤：确定影响环保设备运行状态的影响因素群；确定超低排放指标和能耗物耗指标；确定超低排放运行和节能耦合运行的综合评价指标；根据确定的影响因素群，获取所需历史运行数据和调控参数；对历史运行数据和调控参数进行预处理；建立超低排放模型、能耗物耗模型和综合评价模型，利用预处理后的数据进行模型分析；对超低排放模型、能耗物耗模型和综合评价模型进行验证；进行耦合处理获取锅炉或窑炉超低排放和高效节能运行的耦合模型；影响参数的降维分析，并预测超低排放指标与能耗物耗指标的变化趋势，本发明实现环保设备的超低排放指标下的低能耗物耗运行。