本发明提出一种磁控管的控制系统及用于其的方法、高频加热装置，其中，系统包括：交流输入端，交流输入端用于接收交流电源；电源控制部，电源控制部用于控制交流输入端供给或停止供给交流电源；操作部，操作部与电源控制部相连，操作部用于接收控制指令，并根据控制指令控制电源控制部的开启或关断；驱动电源模块，驱动电源模块通过电源控制部连接交流输入端，驱动电源模块还连接磁控管，驱动电源模块用于获取电源控制部的状态信息，并根据预设时间段内电源控制部的状态信息对交流电源进行变换，从而调节驱动电源模块施加到磁控管的电压。由此，可减少连接至驱动电源模块的配线以及元器件，进而降低成本，同时还可实现驱动电源模块的可变输出。