本申请提供一种约瑟夫森结及超导量子干涉器件的制备方法，该约瑟夫森结的制备方法包括以下步骤：获取衬底；在衬底上依次制备第一超导薄膜层、绝缘层和第二超导薄膜层；采用曝光显影结合刻蚀技术对第二超导薄膜层的第一区域进行刻蚀处理，形成第一约瑟夫森结区；采用曝光显影结合刻蚀技术对第二超导薄膜层的第二区域进行刻蚀处理，于第一区域和第二区域的重叠部分形成第二约瑟夫森结区；第二约瑟夫森结区的尺寸能够通过调整衬底的位置或调整校准片的位置调整为A*A微米,其中A的范围为0.1-1微米。本申请实施例提供的约瑟夫森结的制备方法对第二超导薄膜层采用两次曝光显影结合刻蚀技术定义约瑟夫森结区，能够实现亚微米约瑟夫森结的制备。