本发明公开一种变压器绕组匝间短路的保护方法、装置及存储介质，该方法包括：获取变压器在第一采样时刻下三相的高压、中压和低压三侧的电流，通过计算得到第一差动电流；获取变压器在第二采样时刻下三相的高压、中压和低压三侧的电流，通过计算得到第二差动电流；根据第一差动电流与第二差动电流，得到差动电流增量；计算每一相的高压、中压和低压三侧的电流增量，判断差动电流增量是否不小于三侧的电流增量的绝对值的最大值；若是，则根据差动电流增量求取正序分量和负序分量；当正序分量和负序分量相等时，判断变压器CT断线保护、CT饱和保护和励磁涌流保护是否启动，如果没有启动，则启动差动保护。本发明能有效提高差动保护的灵敏性和可靠性。