本发明涉及一种适应柔直接入的线路保护方法及系统，包括内容：S1、采集线路保护装置安装处电流互感器的二次电流，并根据电流互感器二次电流，计算线路的差动电流及制动电流；S2、判断“适应柔直接入的扩展动作区”控制字是否为设定切入值，若控制字为设定切入值，则扩展动作区功能投入，进入S3；否则扩展动作区功能退出，进入S4；S3、根据设定条件判断扩展动作区功能投入条件是否充分，若是，则确定为区内故障，保护动作跳闸，切除故障；若扩展动作区功能投入条件不充分，进入S4；S4、若扩展动作区功能退出或者扩展动作区功能投入条件不充分，判断线路两侧差动电流和制动电流是否满足电流差动动作条件，如果是，则确定为区内故障，保护动作跳闸，切除故障，否则保护返回。