本发明属于烟气治理领域，其为了解决脱硫系统布置标高升高，支架结构量大且复杂，脱硫塔的运行阻力大的问题，提供了一种两段式循环流化床脱硫系统及脱硫工艺，其既利用了上行塔内物料浓度高的优点，又利用了下行塔内新鲜物料与二氧化硫接触几率大的优点，在保证烟气相同的停留时间的情况下，降低了塔高度，提高了脱硫剂的整体利用率。其中，该脱硫系统包括脱硫塔和脱硫剂仓；所述脱硫塔包括上行塔和下行塔，上行塔的顶部与下行塔的顶部连通；所述脱硫剂仓与上行塔底部相连的文丘里段和下行塔顶部分别连通，用于将脱硫剂从上行塔的文丘里段和下行塔顶部分别加入脱硫塔中。