本发明公开了一种餐厨废弃物微生物处理系统，其结构包括：反应仓机体、移动底座、更换回收装置、添加斗、破碎斗装置、微生物存储箱，使设备使用时，通过设有的混合辊机构，使本发明能够实现避免现有对于餐厨废弃物的微生物处理过程中，由于微生物处理也是采用填埋法，因而就容易因为覆盖以及接触不充分，混合的过程中较慢，而最终废弃物处理周期时间长，导致设备的利用率不高，间接增加处理的成本的问题，使设备能够将餐厨废弃物进行二次破碎，间接增加混合的接触面积，同时由于电机转板的带动，使得刺辊装置与主轴配合装置都能够进行不断旋转，对餐厨废弃物充分搅动，完全的覆盖在微生物里面，有效缩短处理时间，更加的高效。