本发明公开了一种集菌仪结构，旨在解决集菌仪上泵管装夹不便，泵头散热效果不佳的不足。该发明包括安装在隔离器操作台上表面上的集菌仪操作台、安装在隔离器操作台下表面上的主机，集菌仪操作台前低后高倾斜设置，集菌仪操作台上安装转轮，主机内安装转动电机，转动电机传动连接转轮，转轮边缘均布安装若干个可转动的泵头，集菌仪操作台上安装可朝向转轮方向滑动的动块，动块上朝向转轮侧依次设有左夹槽、弧形的挤压蠕动槽、右夹槽，左夹槽和右夹槽间装夹泵管，泵管贴合在挤压蠕动槽壁上，泵头滑过泵管对泵管进行挤压。这种结构的集菌仪大大方便了泵管的装夹操作，泵头散热效果好。