本发明涉及一种用于多端柔性直流系统的附加阻尼内环控制方法及控制器，包括以下步骤：步骤1、从换流站交流母线电压中通过锁相环节得到系统中的模态偏差信号；步骤2、对步骤1提取的同时包含有各频率信息和相位信息的模态偏差信号进行滤波后，在各频率信号中提取出次同步频率信号；步骤3、基于步骤2提取的各频率信号中次同步频率信号，分别对每个次同步模态分量在经过交直流系统时所发生的相位改变的大小进行相位补偿；步骤4、将步骤3中相位补偿环节后的信号叠加到换流器的控制系统中。本发明能够能够同时适用于多端柔性直流系统和传统的双端柔性直流系统。