本发明提供了一种盐碱水培育日本沼虾苗种的方法，属于水产养殖技术领域，该养殖方法包括：养殖用水为碳酸盐型盐碱水，盐度为5-10‰，碳酸盐碱度为2-6mmol/L，氨氮含量为0.2-0.5mg/L；盐碱水养殖池塘消毒后，将日本沼虾成年雌虾和雄虾放入池塘中，控制条件投喂饲料培育并使之交配、抱卵；抱卵虾受精卵出现黑色眼点时期时，泼洒施肥并杀菌；日本沼虾幼体下池后泼洒用特定组分配伍的中药汁浸泡后的黄豆浆和熟蛋黄；育苗期间用光合细菌和乳酸菌调节水质；采用本发明的盐碱水人工育苗技术，从而能提高日本沼虾苗种养殖成活率、抗运输能力和肌肉品质，成功实现了日本沼虾盐碱水人工育苗与养殖。