本发明公开了一种钻井液用纳米微晶封堵剂的制备方法，步骤：将纳米纤维素分散在去离子水中，利用超声波分散得到溶液；下一步依次加入氯化铝和单宁酸进行反应；下一步用碱液将上述反应后的溶液调节pH值为9，然后用乙醇和去离子水洗涤并离心分层，去除上层清液下部的悬浮液重复多次洗涤并离心分层，得到的下部悬浮液进行冷冻干燥，即得到表面修饰有铝-单宁酸膜层的纳米微晶封堵剂，下一步进行真空干燥，然后再经整粒、过筛得到纳米微晶封堵剂。本发明提供了一种钻井液用纳米微晶封堵剂的制备方法及应用，其是由纳米纤维素改性得到的，可以在钻井液中均匀分散，有效封堵泥页岩地层微纳米裂缝，为保持井壁稳定提供技术支持。