本发明公开了一种提取基质附着微生物总DNA的装置和方法，属于分子生物学技术领域，该装置包括控压冲洗装置、负压装置和收集装置，通过控压冲洗装置控制冲洗出水水压，通过负压管路将冲洗管路冲洗基质产生的混悬液收集至收集装置，本发明同时公开了DNA的提取方法，在加压下冲洗基质，配合负压装置收集样品，克服了现有技术针对附着在基质上的微生物样品存在取样困难、取样不完整的难题，显著改善了基质附着微生物基因组DNA的代表性、提取效率和质量，条带明亮清晰、基本无降解，对难提取微生物，如真菌等均有较好的提取效率。