本发明提供一种降低烤烟上部烟叶烟碱含量的方法，所述方法，包括施用碳源；所述施用碳源，包括第一次施用碳源、第二次施用碳源。本发明可以有效降低烤烟上部烟叶烟碱和全氮含量；在移栽后第150d检测的烤烟上部6片叶全氮含量为3.89-4.40%；烤烟上部6片叶烟碱含量为1.35-2.13%。本发明可以有效促进烟叶落黄，在移栽后第138d的烤烟上部6片叶的SPAD值为40.30-42.80。本发明在加快微生物固持土壤中的有效氮的同时，延长微生物对土壤氮素的固持时间，可以有效控制移栽后120-138天的土壤氮素水平，土壤中无机氮含量为0-20.08mg N kg-1 。