本发明提供了一种蒸汽锅炉除盐降垢系统及其操作方法。其中蒸汽锅炉除盐降垢系统包括：锅炉；除盐降垢器，除盐降垢器位于锅炉的上游位置处，且除盐降垢器的蒸汽口与锅炉的蒸汽入口连通；加热结构，加热结构具有分离器和换热回流管线，并且分离器的入口与锅炉的蒸汽排放口连通，分离器通过换热回流管线连通至除盐降垢器，以将锅炉产生的高压热蒸汽引入除盐降垢器内并对净化污水进行加热；增压装置，增压装置对进入锅炉的蒸汽进行增压。本发明解决了现有技术中锅炉系统及其后段管线结垢盐析和堵塞管路的问题。