本申请公开了一种超声融合成像导航系统及其使用的融合方法。方法包括：利用超声探头向被检查者发射超声波，接收超声回波信号，根据超声回波信号获得被检查者的超声图像数据；利用设置于所述超声探头的惯性导航装置，获得所述超声探头的实时姿态信息；将所述超声图像数据与被检查者的另一模态图像数据进行初始配准，建立初始配准映射关系；根据初始配准映射关系和超声探头的实时姿态信息，对超声图像数据和另一模态图像数据进行实时的图像融合显示，并在融合过程中根据对超声探头和超声图像的移动，确定是否需要进行校正。通过该方法，能够实时地消除探头移动过程中惯性导航装置累积的误差，同时还可消除因被检查者的呼吸运动而导致的误差。