本发明公开了一种农业废水处理装置的快速启动方法，具体启动时，1）在好氧反应器内安装曝气器，并布设生物填料；然后厌氧反应器和好氧反应器分别接种活性污泥，装置内引入水，并构建生态浮岛；2）调节装置中废水的C、N、P营养比和pH值；3）对好氧反应器内进行充氧曝气，肉眼观察生物填料表面颜色变黄且有明显附着物时停止曝气，活性污泥全部排出；4）再次开启曝气系统并开启进水管向装置中进水，调节水力停留时间后完成农业废水处理装置的快速启动。本发明具有启动时间短、氧气利用效率高、环境适用能力强、抗冲击负荷高、微生物繁殖速度快等优点，尤其对农村生活污水等典型农业废水处理效果显著。