一种多通道在线匿名防刷票加密投票的方法和系统，包括选票管理平台和在线投票系统两部分；选票管理平台通过选票管理模块制定选票的类型和内容，利用二维码生成器生成相应的二维码文件，通过选票还原模块将有效投票结果叠加至相应选票问卷中生成已答复的选票问卷，通过结果统计模块根据投票结果进行加权统计得到投票得分；在线投票系统通过投票模块实现对选票在线投票，并对投票结果进行加密，通过二维码动态管理工具可以在线设定二维码的有效性，通过通道管理，独立控制投票通道的开启和关闭，通过实时监测模块实现投票过程的在线实时监测。本发明既能实现同时进行多个匿名投票，又能防止反复投票、刷票，结果透明，保证投票的有效性和严肃性。