本发明提供二噁英可控的危险废弃物余热锅炉系统及控制方法。危险废弃物余热锅炉系统包括依次连接的余热锅炉、汽包、换热器、第一调节阀组、给水泵组和除氧器，及第二调节阀组和循环管线；余热锅炉包括烟气入口和烟气出口；换热器设置于余热锅炉内且位于烟气出口一端；除氧器除去供水中氧气以供给给水泵组；给水泵组分别向换热器和汽包进水；第一调节阀组设置于给水泵组至换热器的管线上；第二调节阀组设置于给水泵组至汽包的管线上；汽包分别接收经换热器换热升温的水以及给水泵组的水，汽包内的水经换热升温形成水汽并循环至汽包；循环管线自换热器出水口至除氧器进水口设置。该控制方法，通过控制锅炉出口烟气温度而控制出口烟气中二噁英含量。