本发明公开了一种相位噪声补偿方法及系统，该方法包括：获取传输系统的数据信息，根据预设剪切系数，将数据信息进行更新；根据预设算法及更新后的数据信息构建多个初始种群；根据预设控制参数求解各初始种群的目标函数，得到初始目标函数值；利用遗传算法对各初始种群进行迭代，得到新种群将遗传结果中的目标函数值与初始目标函数值进行比较，根据比较结果得到目标种群；如果当前温度小于预设终止温度，将当前聚类中心确定为最优聚类中心；根据预设补偿算法、目标种群及对应的最优聚类中心，对数据信息进行相位噪声的补偿。本发明不依赖于任何链路状态信息以及系统参数，降低了计算的复杂度，实现更方便，进而提升了系统的稳定性。