本发明公开了一种交直流多端口互联系统，包括：隔离变压器的低压侧通过第一断路器与第一交流端连接，还通过第三断路器与第一模块化多电平换流器的交流侧连接，第一模块化多电平换流器的直流侧与第一直流端连接；隔离变压器的高压侧通过第二断路器与第二交流端连接，还通过第四断路器与第二模块化多电平换流器的交流侧连接，第二模块化多电平换流器的直流侧与第二直流端连接。本发明实施例还公开了一种交直流多端口互联系统的控制方法、装置、存储介质，解决现有技术中电网的可控性差，灵活性低的问题。