本发明公开了一种用于应急设施基地的复合HDPE膜防控系统及施工方法，包括：选择模块化复合HDPE膜防控材料：复合HDPE膜防控材料为现场复合的两布一膜，两布一膜由增强型HDPE土工膜和加宽型土工布构成；快速拼接工艺：快速拼接工艺包括增强型HDPE土工膜的焊接工艺和加宽型土工布的搭接工艺；焊缝检测工艺：焊缝检测工艺包括通长焊缝一次加压泄压检测方法；通用性补丁构件：通用性补丁构件为双层HDPE膜挤压焊接。本发明通过上述设计可升级防控系统的成品保护、快速连接与检测，最终实现应急设施基地的高效污染防控；具有高标准、高效率、工期短、可塑性强、易于基地质量控制的优点。