本发明涉及环境生物技术领域，具体涉及一种用于有机废物堆肥的保氮复合菌剂及其应用方法，将氨化菌群、硝化菌群和固氮菌群按照1～3:2～7:1～5的比例通过合理配比获得有机废物堆肥保氮复合菌剂，按照接种量为0.1％～12.0％接种于有机废物堆肥中，可有效避免堆肥过程中氮流失而造成氮素损失的问题，还可减少堆肥过程中臭气的产生，避免二次污染，提升堆肥中的有益微生物数量，提高有机废物堆肥处理的效率。本菌剂所用菌种均属于亲近环境型的微生物，且应用投资较少、方法简便、操作简单，适用于多种有机废物，并适用于大、中、小型规模的堆肥。