本发明属于聚酯树脂制备技术领域，具体涉及一种高流平、抗厚涂针孔型HAA体系用聚酯树脂及其制备方法，以及应用。本发明所提供的HAA固化的高流平、抗厚涂针孔聚酯树脂，其特征在于，所述的聚酯树脂主要采用对苯二甲酸、柔性长链二元酸、新戊二醇、季戊四醇二油酸酯、聚丙二醇400、1，2－辛二醇、六亚甲基二异氰酸酯来进行聚合反应制得。本发明的聚酯树脂在制备时，固化过程无小分子物质逸出，保证了其抗厚涂针孔能力，再结合合适的合成工艺条件，最终得到的聚酯树脂与固化剂HAA可以进行低温固化(140℃/15min)，最终固化膜层流平性好，抗厚涂针孔能力强，而且基本性能也完全满足了粉末涂料的常规要求。