本发明涉及尼龙功能性包装薄膜领域，特别涉及一种透明抗菌耐高温BOPA预涂膜及其制备方法，其中，所述透明抗菌耐高温BOPA预涂膜包括聚酰胺薄膜层和将水性聚氨酯混合液涂覆在所述聚酰胺薄膜的上、下表面形成的涂布层；所述水性聚氨酯混合液的组分包括：水性聚氨酯分散体、纳米银水溶液、胺类催化剂、架桥剂和水。采用本发明制备的一种透明抗菌耐高温的BOPA预涂膜，具有抗金黄色葡萄球菌和大肠杆菌等菌类性能，且薄膜透明性不受影响，能耐125℃40min高温蒸煮，满足尼龙本身特性及后续加工需求，同时该涂布层对于印刷附着力及胶水的粘合力也会有显著的提升，还能有效防止薄膜本身细菌的生成，降低了人们触摸时接触到细菌的风险，具有广泛的应用前景。