本发明公开了盾构掘进磨地连墙下穿运营地铁车站的施工方法，包括如下施工步骤：a、地连墙的处理；b、勘测；c、回填处理；d、盾构掘进。本发明采用暗挖法施工，并且采用上下台阶法进行开挖，且只开挖上台阶，对入侵的暗挖隧道的地连墙进行局部预处理，主要是对地连墙工字钢接头进行破除，切断入侵暗挖隧道范围地连墙上半部钢筋，然后用C20混凝土对上台阶暗挖隧道进行回填，再盾构机磨墙掘进通过，有效减小了暗挖施工和地连墙破除时的施工风险，减小或避免了盾构机下穿掘进对运营地铁车站的影响，确保了运营地铁车站的安全性，同时还能缩短了施工工期，节约了施工成本。