本发明提供一种隔离机电‑电磁混合仿真网络拓扑变化的方法和系统。所述方法和系统通过复制原机电‑电磁混合仿真网络的边界节点，并在复制的节点和边界之点增加元件，依据复制的节点和增加的元件重新划分联络线，生成新机电‑电磁混合仿真网络，再在新网络中依次进行潮流校验和机电暂态仿真校核，当两个校验都通过时，确定可按照新的机电暂态仿真网络和电磁暂态仿真网络进行电力系统机电‑电磁暂态混合仿真。所述方法和系统在已有的机电‑电磁仿真网络划分边界基础上，通过在边界节点和复制节点之间增加小阻抗支路和负荷的方法，隔离机电暂态仿真网络拓扑变化和电磁暂态仿真网络拓扑变化对边界的影响，从而起到提高在线混合仿真计算效率的作用。