本发明公开了一种基于智能集成算法的变压器故障诊断方法及系统，包括：对获取的油色谱数据进行预处理，并经过预处理的油色谱数据进行特征构建，以获取多个特征；分别确定不同类型的变压器故障诊断算法对应的输入特征；根据确定的不同类型的变压器故障诊断算法对应的输入特征，构建基于智能集成算法的变压器故障模式诊断模型；分别确定每个变压器故障模式诊断模型在每种故障模式下的故障诊断准确率，并根据故障诊断准确率确定每种故障模式对应的算法和各算法的权重；利用所述基于智能集成算法的变压器故障模式诊断模型对待诊断的油色谱数据进行诊断，确定故障模式结果，并根据所述故障模式结果中每种故障模式的优先级系数确定诊断结果。