本发明公开了一种可信联盟区块链数字校准证书系统及其操作方法，该系统包括：基于超级账本的分布式存储系统的分布式账本系统(10)；用于为本系统中所有实体身份证书的管理、身份的注册的CA系统(11)；用于为本系统所有区块链节点服务器提供UTC时间校准服务的UTC时间校准服务器(12)；以及用于通过联盟管理、仪器单位管理、校准机构管理，将校准证书数据通过数字签名技术生成数字校准证书，提取相关实体信息，形成多个数据区块原始信息的数字校准证书子系统(13)。采用本发明，能够通过建立可靠、可信、安全、不断增长的校准链和溯源链，解决现有基于区块链技术的数字校准证书技术的不足。