本发明公开了一种双馈风力发电机组电网不平衡的控制方法及系统，涉及双馈风力发电机组中并网控制的技术领域，该控制方法包括：根据双馈风力发电机组当前实际运行时电网电压不平衡度的大小，在线切换选择电流平衡、功率平衡或电磁转矩平衡作为控制目标；根据所选择的控制目标对变频器转子侧正负序定子电流环的目标给定值进行计算；通过目标给定值确保双馈风力发电机组在电网电压不平衡故障期间的稳定运行，以达到根据具体机组当前实际运行工况下在线切换控制目标，优化电网不平衡故障时机组性能的目的。