本发明提供一种脱硫废水的处理方法及系统，涉及工业废水处理技术领域，能够降低处理成本。该处理方法包括：对脱硫废水进行预处理，以去除脱硫废水中的重金属离子、悬浮物以及部分镁离子，得到预处理出水；对预处理出水进行第一分离处理，得到一价盐盐水、二价盐晶体及二价盐浓水；其中，在第一分离处理过程中，当二价盐浓水的渗透压达到预设值时，外排至少部分二价盐浓水；对一价盐盐水进行浓缩处理，得到一价盐浓水和产水；对一价盐浓水进行第二分离处理，得到一价盐晶体。用于脱硫废水的处理。