本发明公开了一种程序标识认证与合并发行方法及系统，所述方法包括：根据待认证程序与预先确定的程序验证信息，生成合并测试程序；将所述合并测试程序写入预设的测试硬件设备中，按照待认证程序对应的测试要求对所述测试硬件设备的对应功能进行测试验证；验证通过后，对所述程序验证信息进行激活，生成带有唯一标识的认证信息；将所述认证信息与认证通过的程序封装生成合并程序；将所述合并程序以及与认证信息相匹配的合并程序发行系统反馈至待认证程序的认证申请者；所述认证申请者通过所述合并程序发行系统将所述合并程序写入一个或多个硬件设备；所述方法及系统实现不同算法提供商在各自核心机密算法保密的前提下进行有效的测试。