本发明公开了一种预测肺癌病理图像中基因突变的辅助系统及方法，涉及神经网络。包括：第一获取模块，获得数字病理图像并根据肺癌类别进行标注获得标注图像；第二获取模块，对病灶区的肿瘤进行基因测序获得基因突变数据；生成模块，将标注图像和与基因突变数据生成训练数据组；分组模块，将训练数据组分成训练集和测试集；训练模块，将训练集进行训练获得肺癌基因突变判断模型；测试模块，将测试集输入到肺癌基因突变判断模型中进行测试获得基因表达量；处理模块，根据基因表达量与对应的基因突变数据得到预测准确率，不小于准确率阈值时保存肺癌基因突变判断模型。具有以下有益效果：预测患者基因突变的可能，提前进行相应治疗。