本发明公开了一种适用于直流配电网线路的差动保护方法及系统，所述方法包括：采集直流配电网线路本侧差动保护装置和对侧差动保护装置的瞬时电流值，计算直流配电网线路同一侧差动保护的电流变化量；根据两侧差动保护的电流变化量确定电流变化量差动电流；依据电流变化量差动电流匹配相适应的差动保护动作特性，以进行差动保护动作信号输出控制。本发明通过电流变化量进行差动保护动作控制，可以对直流配电网线路上发生故障电流量变化不明显的单极接地故障进行可靠、快速动作，大幅度提高了直流配电网线路差动保护的灵敏性；对直流配电网线路上发生电气量变化剧烈的双极短路故障也可以做到灵敏判别并可靠快速动作。