一种多电平直流固态变压器多阶段软充控制方法及系统，涉及电力电子技术领域，解决如何减小模块化多电平直流固态变压器启动时交流侧和直流侧电流尖峰的问题；所述的多阶段软充控制方法包括：一次侧MMC的子模块不控充电；使用峰值电流控制一次侧MMC的子模块软充电；使用移相调制控制二次侧MMC的子模块软充电；所述的控制系统，包括输入源，输出源，一次侧MMC，二次侧MMC，限流电阻Rd，限流开关Sd，高频变压器；实现了模块化多电平直流固态变压器子模块电容的的快速、稳定充电，减小了变压器启动时交流侧与直流侧的电流尖峰，保护了子模块中的功率器件和高频变压器，增加了电容的使用寿命，有力利于系统的安全运行。