本发明提供一种实时在线冷源运行综合效率用能诊断方法，包括步骤：S1：判定冷源的用能计量方式；S2：识别冷源运行时段与冷源非运行时段；S3：根据监测用电数据，计算多个建筑冷源的冷源综合制冷性能系数；S4：横向对比冷源综合制冷性能系数；S5：确定横向对比判定临界值；S6：将冷源综合制冷性能系数等于或小于横向对比判定临界值的冷源判定为存在运行问题的冷源，并向存在运行问题的冷源对应的建筑发送提醒信息。本发明的一种实时在线冷源运行综合效率用能诊断方法，能够弥补当前国内在冷源运行过程中实时反映运行综合效率研究方面的缺失，提升建筑冷源运行效率，减少建筑冷源的用能浪费，促进建筑节能智能化运行。