一种离子阱系统，包括激光调控模块用于将光束分为P个第一光束和Q个第二光束，P个第一光束中的N个第一光束分别传输至N个离子，Q个第二光束中的M个第二光束分别传输至M个监测单元；M个监测单元用于分别监测M个第二光束，并分别获取M个第二光束的空间强度分布信息，反馈控制模块用于接收M个第二光束的空间强度分布信息，根据M个第二光束的空间强度分布信息确定N个第一控制信号，并将N个第一控制信号传输至激光调控模块，其中，N个第一控制信号与N个第一光束一一对应，第一控制信号用于控制激光调控模块将对应的第一光束与离子对准。如此，有助于提高第一光束与对应离子的对准度，从而提高对离子进行量子态操控的保真度。