本发明公开了一种适用于南方烟田的土壤改良方法，该方法包括红土pH值改良、红土底肥施作、红土微生物有机肥-菌落调整和红土绿肥施作四个步骤，其中红土微生物有机肥-菌落调整步骤包括烟田土壤在施用农家肥后放置7天，将微生物有机肥均匀铺撒于烟田土壤表层并起垄，微生物有机复合肥每亩施用2000kg，起垄前，于垄底再次铺撒一层熟石灰，熟石灰厚度1cm。适用于南方地区尤其是适应于云南地区烟田土壤改良，一方面结合云南本土的种植特色也即马铃薯的种植对烟田土壤进行改良，充分利用马铃薯的生长使板结的土壤得到碎化，且利用马铃薯的茎叶作为绿肥的来源；该改良方法可改善红土酸性的性质，提高烟田土壤的微生物菌落平衡的稳定性。