本发明属于生物技术领域，尤其涉及一种防控烟草病害的复合拮抗菌剂及其应用。本发明基于前期发现的抗病物质和筛选的拮抗菌，通过开发“增效拮抗菌剂”充分发挥抗病增殖作用并实现防控技术简化，为烟叶生产发展提供技术支撑。研究发现所开发的增效拮抗菌剂对烟草种子萌发和生长具有促进作用；在盆栽条件下，增效拮抗菌剂能显著性增强土传病害烟草青枯病防治效果，施用增效拮抗菌剂组对青枯病的相对防治效果为60.87％；对黑胫病相对防效为60.32％。从最大叶长、最大叶宽、株高、茎直径等数据分析，增效拮抗菌剂能显著促进烟株生长。