本发明公开了一种用于样本分散的微流控芯片及其制备方法与应用。本发明微流控芯片包括多个分散单元；所述分散单元包括液体流道和分散腔室，所述液体流道包括主流道和分散管道；所述主流道与所述分散腔室之间通过柱体结构分割，使所述分散腔室内形成所述分散管道；所述分散管道的两端分别为入口和出口，所述入口和所述出口上分别设有阀门1和阀门3；于所述阀门1和所述阀门3之间的所述主流道上设有阀门2；设置上述阀门处的所述液体流道的横截面积的关系为所述阀门1>所述阀门2>所述阀门3。本发明芯片结构，利用注射驱动的方式，能实现100％的样本分散率和利用，具有易于集成、稳定、全封闭、价格低廉、样本分散率高、样本用率高的特点。