本发明公开了一种提取密蒙花中蒙花苷的方法，在密蒙花加入由柠檬酸、纤维素酶、果胶酶组成的浸泡液，浸泡，取出密蒙花；浸泡后的密蒙花加入破碎机，再加入水、D-异抗坏血酸钠、氯化钠、L-半胱氨酸打成浆液，得密蒙花浆液；向密蒙花浆液加入水，再加入发酵菌种、红糖、尿素、硫酸铵、磷酸二氢钾，搅拌均匀，发酵，得密蒙花提取液；所述发酵菌种由海洋芽孢杆菌、黑曲霉、产朊假丝酵母组成；加热回流提取，抽滤，减压浓缩，得浓缩提取物；将浓缩提取物经大孔吸附树脂柱提纯，减压浓缩回收洗脱剂，干燥，得蒙花苷。本方法采用柠檬酸、纤维素酶、果胶酶浸泡密蒙花酶解后打浆，用混合菌种发酵再提取蒙花苷，利于蒙花苷有效成分的浸出，提取率大大提高。