本发明提供了一种多数据融合的电能质量故障诊断方法及系统，该电能质量故障诊断方法包括执行以下步骤：步骤1：故障方向定位；步骤2：长时间停电诊断；步骤3：暂态诊断；步骤4：稳态诊断；步骤5：综合诊断。本发明的有益效果是：本发明公开的一种多数据融合的电能质量故障诊断方法融合监测系统各电能质量终端设备产生电压暂态事件、故障波形和统计定时记录数据，提取各类数据的特征量，结合对应的诊断算法模型，对系统进行电能质量长时间停电、暂态和稳态多维度故障诊断，给出全面的诊断结论、故障危害和治理建议，从多个维度综合诊断系统的电能质量问题，为用户提供最直观的诊断结果。