本发明公开了一种用于嵌入式Linux系统的信息安全防护系统及方法，属于Linux操作系统技术领域。本发明系统，包括：验证模块，获取用户登录Linux系统的验证信息，并对验证信息进行验证；Linux登录端，接收所述验证模块验证通过后的验证信息，允许用户登录Linux系统；密码支持模块，对Linux系统中预设等级的数据进行加密，同时生成加密数据的密钥文件；监测模块，采集Linux系统用户登录及运行过程的运行信息、Linux系统的通讯信息和环境信息；中央服务器，接收所述密码支持模块传输的密钥文件，并对所述密钥文件进行存储。本发明加强了中央服务器的运行安全性能，进一步加强Linux操作系统信息的安全性能，防止用户信息出现泄漏或偷盗的情况。