本发明公开了一种基于磷酸铁锂介质的电化学储能电站的运行方法，该运行方法通过获取电化学储能电站功率目标值、每一台PCS的状态数据和每一台BMS的状态数据，通过基于磷酸铁锂介质的电化学储能电站储能单元损耗模型和优化算法进行求解，该算法将电池能效纳入电化学储能电站的运行控制模型中，现有的算法尚无类似考虑，得到储能电站能效最高的充放电控制方式，从而能使全站储能单元损耗最低，提高基于磷酸铁锂介质的电化学储能电站参与电网控制时的运行效率，降低整体损耗，根据实验数据，该算法相比现有的功率分配算法，最高能够提高全站能效约0.5％。