本发明属于脑电信号处理技术领域，公开一种基于相关函数的多通道脑电信号压缩方法，包括：计算每个通道的自相关函数和任意两个通道间的互相关函数；利用自相关函数和互相关函数，计算任意两个通道的差分信号和原信号的能量差值；基于能量差值，得到参考/编码通道顺序表；根据参考/编码通道顺序表，为每个通道指定唯一的参考通道，构造差分编码树；基于差分编码树对各通道进行差分运算得到各通道的差分信号；对差分信号中所包含的数据进行霍夫曼编码后得到压缩数据。本发明的多通道脑电信号压缩方法能够提高脑电信号的压缩率，从而降低传输功耗和存储消耗。