本发明涉及废水处理技术领域，具体涉及一种水中硫酸根和氟离子微生物‑电化学耦合处理系统及处理方法。本发明的处理系统包括人工湿地预处理单元和电容去离子净化单元，人工湿地使用从下至上进水的方式，并在基质层中形成厌氧区、缺氧区和好氧区，电容去离子净化单元设置于人工湿地后端，且采用喷淋进水，除此之外还设置有资源化利用单元；本发明还包括一种利用上述处理系统处理污水的方法，利用电控模块控制再生过程，结合水质监测装置对水质指标检测的反馈数据，对处理系统进行全自动化管理。本发明减少了使用和投资成本，对污染物进行回收和资源化利用，同时解决了现有技术中污染物去除效果差的问题。