本发明公开了一种基于电池储能的配变三相不平衡补偿系统及控制方法，其中系统包括系统控制模块、功率执行模块、储能模块、接入模块；所述功率执行模块、储能模块、接入模块均与所述系统控制模块连接，所述储能模块、接入模块还均与所述功率执行模块连接；所述接入模块用于接入配电网380V主线。通过在配变低压侧并联一个不平衡补偿系统，分相控制补偿电流，实现配变的三相不平衡调节。本方案能够减少线路的电能损耗，减少配电变压器的电能损耗，改善配变出力、避免产生配变零序电流，确保用电设备的安全运行，改善供电设备的使用寿命，减少变压器损耗；提高供电可靠性，控制精度高、响应速度快、安装灵活、适用范围广，具有很好的经济性。