本发明涉及一种鼠李糖脂发酵液的综合处理方法。该方法包括以下步骤：向鼠李糖脂发酵液中加入尼龙酸，调节pH值至低于等电点，使固体析出；过滤，得滤饼a和滤液a，滤饼a中加入乙醇，得到鼠李糖脂悬浊液；过滤，得到滤饼b和滤液b，滤液b减压浓缩，得纯化后的鼠李糖脂；滤饼b干燥，粉碎，得有机氮肥；滤液a加入甘油，液体分层，上层有机相得增塑剂聚尼龙酸羟基丙二醇酯，下层水相得鼠李糖脂发酵培养液。该方法通过三步分离即可以大于92％的收率得到纯度大于95％的鼠李糖脂，分离路线简单；同时将废渣和废水转化为尼龙酸羟基丙二醇酯增塑剂、有机氮肥和鼠李糖脂发酵培养液，降低了生产成本和减少了三废排放，有利于其广泛应用。