本发明公开了大丽轮枝菌VdEG抗病原菌靶基因片段及其干扰载体和应用。本发明采用寄主诱导的基因沉默技术以高致病力的大丽轮枝菌株为材料构建多个针对大丽轮枝菌靶标基因外切葡聚糖酶的烟草脆裂病毒干扰质粒，通过农杆菌注射的方法转化本氏烟草并进行大丽轮枝菌接种，将其中可以明显降低植物病情指数的靶标区段构建Gateway干扰载体获得稳定遗传的转基因植物，通过病情指数以及分子生物学手段检测真菌生物量以及靶标基因的转录水平筛选到效果最佳的干扰区段。本发明所筛选得到的VdEG靶基因片段以及采用该靶基因片段所构建的Gateway干扰载体能够应用于提高植物对大丽轮枝菌的抗病性以及培育抗大丽轮枝菌的转基因植物新品种。