一种用于追溯系统的高效扫码处理方法，包括：在小包装未装入编织袋之前，先对编织袋进行二维码采集，若采集不成功，则将该编织袋剔除，对被剔除的编织袋进行二维码质量视检，若二维码质量不合格，则该编织袋视为作废；若二维码质量合格，则重新对编织袋进行二维码采集，直至采集成功；对采集成功后的编织袋进行撑袋和装袋操作，将小包装装入编织袋内，并与小包装进行关联。本发明能够大大降低处理难度，节省人工数量和返工步骤，进而节省劳动力，提高工作效率。