本发明公开了一种转子冷却水系统及其启停控制方法，转子冷却水系统包括转子冷却水箱、自动放水装置、自动补水装置、液位测量装置、补水滤网、补水电动门、冷却水泵、冷水器、转子冷却水入口滤网、转子冷却水导电度测量装置、转子冷却水流量测量装置和发电机。本发明可以在转子冷却水系统全停状态下实现转子冷却水系统自动启动的功能；在转子冷却水系统运行状态下实现转子冷却水系统自动停止的功能；在自动启动或自动停止控制程序执行过程中，同时实现步序故障报警，并根据报警内容操作员可以进行人为判断。